该教材是在原有彭司勋院士主编的“药物化学”规划教材（1999年）的基础上进行重新修订的。被列为教育部普通高等教育“十五”规划教材。在结构体系上做了较大调整，新增了第二章新药研究和开发概况，旨在对学生对新药的研究和开发过程有一个基本的了解。在第三章药物设计的基本原理和方法中，将经典的药物设计原理和方法、QSAR的研究及计算机辅助药物设计（CADD）结合在一起加以介绍。由于心血管系统药物近一二十年来发展较快，内容较多，为此做了一些调整：将与肾上腺素和受体有关的激动剂和拮抗剂合并到第十一章作用于肾上腺素能受体药物中；将“抗高血压药物”和“利尿药”合并为“第十二章”；“第十三章”改为“心脏疾病用药和血脂调节药”。考虑到糖尿病和骨质酥松的治疗药物发展很快，在“第十八章影响激素调控的药物”中增加了部分相关的内容。

    该教材为普通高校“十五”及“十一五”国家级规划教材，也是国家精品课程教材。与第一版教材相比，第二版教材删除了相对比较陈旧的内容，增加了一些现代药物化学的新知识点，尤其是近年来新药研究与发现的例子。对结构框架也进行了适当的调整和改变，新增加了一些章节，如第三章（药物的结构与生物活性）、第七章（神经退行性疾病治疗药物）、第十六章（降血糖药物和骨质疏松治疗药物）、第十八章（抗病毒药）。第一版“麻醉药”一章中“全身麻醉药”一节删除，改为第九章（局部麻醉药）。

    该教材主要作为高校教材供开设药物化学课程使用。第二版特点为：使用三篇式的全新设计，旨在从用药目的和作用机理上建立清晰的概念；反映药物化学的新概念和新进展，使学生能及时更新知识，了解药学的发展前沿；从药物的化学结构出发，在分子水平上讨论药物的理化性质、药动学行为和药效学特征，揭示药物的构-性关系的内涵，阐明药物及其代谢产物的分子机理和化学本质；各章均在改写中注意了材料的取舍，补充了五年来的新药和新的作用靶点。在传授药物化学基本原理的同时，通过具体实例，介绍了近代新药的发展、发现过程，意在启发创新思维和运用基本理论解决实际问题的能力；每章最后给出主要的参考文献，在附录中列举了药物化学参考书目，书后附以中英文的关键词和药名索引。